Pada awal April 2007, pengoperasian sekali lagi telah melalui perubahan dari segi Perintah dan Kawalan di kawasan Pantai Timur Sabah. Aturgerak kumpulan pendahuluan yang terdiri dari pelbagai bahagian dari Markas Angkatan Tentera Malaysia (MK ATM) ke Semporna dengan kekuatan 4 pegawai dan 10 LLP telah dilantik sebagai perintis penubuhan Angkatan Tugas Bersama 2 (ATB 2) dan telah diaturgerak ke KD SRI SEMPORNA Sabah pada 7 April 2007. Namun begitu penempatan di Semporna tidak berjalan lancar kerana beberapa masalah.
Keputusan bagi mewujudkan penempatan kekal Markas ATB 2 (MK ATB 2) telah ditetapkan dalam Mesyuarat Koordinasi Operasi Bersama pada 22 Mei 2007 sejajar dengan keputusan YB Menteri Pertahanan Malaysia. Satu siri lawatan delegasi dari Markas Angkatan Bersama (MK AB) iaitu terdiri daripada KS MK AB, AKS Logistik Pertahanan, AKS J6, Komander ATB 2 dan peg kanan MK AB ke Tawau telah diadakan pada 8 dan 9 Jun 2007. Keputusan telah dibuat dimana pejabat MK ATB 2 akan dipindahkan dari KD SRI SEMPORNA ke Kem Kukusan Tawau bermula 1 Julai 2007.
Pada 1 Januari 2010, MK ATB 2, Pangkalan Operasi Hadapan (POH) telah ditubuhkan secara rasminya. Pada 25 Januari 2010, Panglima Angkatan Tentera pada ketika itu, Jeneral Tan Sri Dato’ Sri Azizan bin Ariffin TUDM telah merasmikan bangunan baru MK ATB 2 yang kekal sehingga sekarang. MK ATB 2 ini merupakan sebuah ketumbukan ad hoc yang bersepadu yang mengabungkan anggota dan aset dari ketiga-tiga cabang perkhidmatan TDM, TLDM dan TUDM dalam segala usaha bersama bagi membanteras dan menghalang segala bentuk ancaman yang boleh menjejaskan keselamatan di perairan Pantai Timur Sabah. Dengan bermulanya operasi MK ATB 2 ini, pertambahan dari segi aset dan juga keanggotaan mula dilakukan. Selaras dengan perkembangan itu juga, aset komunikasi dan elektronik juga telah ditambah bagi memenuhi keperluan operasi, pentadbiran serta Perintah dan Kawalan MK ini termasuklah penubuhan Sea Basing di perairan Semporna dan Sandakan yang di bawah kawalan MK ATB 2.
