1. Bahagian Sumber Manusia - J1.  Berperanan di dalam operasi bersama bagi menguruskan kekuatan, pengagihan anggota dan pentadbiran dari segi aspek individu termasuk disiplin, kursus dalam dan luar negara, moral, kebajikan, keagamaan dan perundangan semasa aman dan perang bagi assigned forces di bawah naungan Pemerintahan Angkatan Bersama.

2. Bahagian Risik - J2.  Berperanan untuk merancang, mengumpul, memproses dan menyebarkan perisikan peringkat operasional dan perang saraf untuk keperluan dan kegunaan operasi bersama.  Ia juga berperanan menasihati Panglima Angkatan Bersama di dalam semua aspek perisikan operasi bersama.

3. Bahagian Operasi - J3. Berperanan untuk merancang, mengkoordinasi dan mengendalikan semua operasi dan eksesais bersama, bersepadu dan gabungan.  Ia juga berperanan untuk menyelaraskan keperluan penglibatan ATM dalam misi PBB.

4. Bahagian Operasi Logistik - J4.  Berperanan untuk menyedia dan mengkoordinasikan semua aspek bantuan logistik  untuk mendukung operasi dan eksesais bersama, bersepadu dan gabungan yang dilaksanakan dalam ATM, dengan agensi penguatkuasa kerajaan yang lain dan dengan angkatan tentera negara sahabat.  Bahagian ini juga perlu berhubung rapat dengan Markas Logistik Perkhidmatan dalam mengkoordinasi dan menyediakan keperluan logistik kepada assigned forces yang terlibat dalam operasi dan eksesais bersama dan gabungan.

5. Pengurusan Kewangan.  Bertanggungjawab menguruskan perbelanjaan kewangan di MK AB secara berhemah dan jimat cermat di samping mematuhi prosedur-prosedur kewangan yang sedia ada serta mempertingkatkan penggunaan sistem kewangan online yang telah berkuatkuasa.

6. Bahagian Rancangan Kontinjensi - J5.  Bertanggungjawab kepada Panglima Angkatan Bersama dalam menggubal pelan-pelan kontinjensi pertahanan dan operasi tentera masa hadapan dalam dan luar negara serta menilai keupayaan sebenar operasi ATM semasa.  Bahagian ini bertanggungjawab untuk mencadangkan peningkatan keupayaan ATM dan Pemerintahan Angkatan Bersama berdasarkan kepada pelan-pelan kontinjensi dan operasi sebenar melalui MK ATM - Bahagian Perancangan Pertahanan.  Dalam masa yang sama, Bahagian ini juga akan merumuskan segala dasar dan strategi perancangan pertahanan negara dan membangunkan satu Angkatan Bersama yang seimbang, bersepadu dan kredibel untuk mempertahankan negara. Ia juga berperanan untuk mendoktrinasikan serta mengimplimentasikan segala Rancangan Kontinjensi (RANKON) ATM.

7. Sel CIMIC (Civil Military Cooperation).  Bertanggungjawab sebagai liason di antara pihak tentera dan awam, membantu pihak tentera  mengkoodinasi keperluan bantuan daripada pihak awam dan membantu pihak awam mengkoordinasi keperluan bantuan kepada pihak tentera atau dengan lebih ringkas sebagai ‘focal point’ di MK AB bagi perkara berkaitan awam dengan tentera.

8. Bahagian Sistem Informasi dan Komunikasi - J6.  Berperanan menyediakan semua keperluan kemudahan komunikasi dan elektronik pertahanan untuk pemerintahan dan penugasan operasi dan pentadbiran MK AB.  Ini meliputi merancang, menyelaras dan menyediakan semua keperluan komunikasi pemerintahan dari peringkat MK AB hingga ke formasi assigned forces. Ia mesti berupaya untuk memenuhi pelaksanaan semua operasi bersama, operasi gabungan dan multinational.  Bahagian ini juga berperanan untuk membangunkan keupayaan komunikasi pemerintahan yang diperlukan oleh ATM di masa hadapan termasuk keupayaan Peperangan Elektronik (PE). Penugasan ini meliputi tanggungjawab merancang, membangun, mengurus serta menyelenggarakan semua keperluan pengkomputeran dan pengurusan maklumat di MK AB.

9. Bahagian Eksesais - J7.  Berperanan untuk merancang dan mengendalikan semua aspek eksesais Bersama dan Gabungan yang melibatkan ATM agar dapat meningkatkan tahap kesiagaan dan keupayaan angkatan ke tahap yang tertinggi bagi mendukung Dasar Pertahanan Negara (DPN).

10. Bahagian Kesihatan Ketenteraan - J9.  Berperanan menyediakan perkhidmatan dalam hal-hal perubatan dan kesihatan dari segi keselamatan anggota, pengurusan penempatan, operasi, merancang latihan, perhubungan, interoperability, latihan bersama, pemodenan angkatan, struktur dan pengagihan sumber. Bahagian ini juga bertanggungjawab mengeluarkan arahan dan garis panduan dalam segala hal berkaitan dengan perubatan operasi dan menumpu kepada penyatuan tugas operasi harian bagi staf operasi, doktrin, latihan, perkembangan kombat, bantuan operasi pangkalan dan sumber-sumber.

11. Kem MK AB. Bertanggungjawab di dalam membantu pengurusan aspek pentadbiran dan logistik MK AB di samping menampung dan menyokong Operational Level Command yang dikendalikan oleh semua Bahagian, Cawangan dan Sel (BCS) dalam organisasi MK AB.

12. Sekretariat. Berperanan sebagai mengkoordinasi dan menyelaraskan segala aspek pentadbiran antara Bahagian KEMENTAH, MK ATM, MK Perkhidmatan dan Agensi luar yang berhubungan dengan MK AB di samping sebagai Coordinator dan perantara untuk mengkoordinasi keperluan antara Bahagian MK AB.

13. Bahagian Hal Ehwal Awam.  Bertanggungjawab untuk menentukan keselamatan dan ketetapan maklumat yang disalurkan kepada pihak media, memberi nasihat, membantu dan mengkoordinasi keperluan pihak media terutamanya dalam memberi publikasi terhadap perkara-perkara eksesais dan operasi yang perlu diketahui oleh umum.

14. Sel Pengurusan Strategik.   Bertanggungjawab dalam aspek yang merangkumi pengurusan strategik, pengurusan inovasi dan kualiti, ‘Key Performance Index’ (KPI), penilaian prestasi melalui pengurusan audit SSR MK AB dan penyediaan Mesyuarat Jawatankuasa Kecemerlangan dan Inovasi ATM (JKKI) serta Jawatankuasa Kerja Kecemerlangan dan Inovasi (JKKKI).

15. Markas Angkatan Tugas Bersama 2.  Berperanan khusus dalam mengawal dan memerintah semua aset Op PASIR di Kawasan Tanggung Jawab (KTJ) yang juga melibatkan aturgerak aset dari ketiga-tiga cabang perkhidmatan iaitu Tentera Darat Malaysia (TDM), Tentera Laut Diraja Malaysia (TLDM) dan Tentera Udara Diraja Malaysia (TUDM) yang diletakkan di Bawah Kawalan Operasi (OPCON). MK ATB 2 juga merupakan sebuah ketumbukan yang bersepadu yang menggabungkan semua anggota dan aset - aset dari ketiga-tiga cabang perkhidmatan dalam semua usaha bersama bagi membanteras dan menghalang segala bentuk ancaman sama ada dari luar mahupun ancaman dalam negeri yang boleh menjejaskan keselamatan dan kedaulatan di pantai Timur Sabah.