Bahagian Sumber Manusia – J1
Berperanan mengkoordinasi dan menyedia aspek pengurusan Sumber Manusia terutama berkaitan perjawatan dan pembangunan modal insan di MK AB. Bertanggungjawab memberi khidmat nasihat perundangan, memantau aspek disiplin anggota dan menyelaras aktiviti keagamaan bagi Markas serta unit di bawah naungan Pemerintahan Angkatan Bersama. Bahagian ini juga bertanggungjawab terhadap pengurusan hal ehwal kebajikan anggota misi luar negara.
Bahagian Perisikan – J2
Bertanggungjawab untuk merancang, mengumpul, memproses dan menyebarkan maklumat perisikanoperasi, keselamatan dan perang saraf di peringkat operasional untuk keperluan operasi bersama. Ianya berperanan menasihati PAB di dalam semua aspek perisikan dan keselamatan operasi di dalam kawasan tanggunggjawab dan kawasan berkepentingan dengan menyediakan perisikan yang tepat serta diyakini. Ianya juga berfungsi untuk menyelaraskan operasi seperti CIMIC, Information Operations dan Information Warfare.
Bahagian Operasi dan Latihan – J3
Bertanggungjawab untuk merancang, mengkoordinasi dan mengendalikan semua operasi bersama, bersepadu dan gabungan yang melibatkan dua atau lebih perkhidmatan. Di samping berperanan untuk menyelaraskan keperluan penglibatan ATM dalam misi PBB, NATO serta pertubuhan pengaman antarabangsa. Ianya juga bertanggungjawab merancang dan mengendalikan semua eksesais bersama antara perkhidmatan dan agensi kerajaan serta eksesais gabungan dengan angkatan tentera sahabat, di samping menyelaraskan pengurusan latihan eksesais olah perang bersama di Pusat Peperangan Bersama dan Joint Theatre Level Simulation.
Bahagian Logistik – J4
Bertanggungjawab untuk menyediakan dan mengkoordinasi semua aspek bantuan logistik untuk mendukung operasi dan eksesais bersama/gabungan samada dalam atau luar negara. Menyediakan rancangan operasi dan eksesais bersama/gabungan yang dilaksanakan oleh ATM. Ianya juga perlu berhubung rapat dengan Markas Logistik Perkhidmatan dalam mengkoordinasi dan menyediakan keperluan logistik kepada Assigned Forces yang terlibat dalam operasi dan eksesais bersama/gabungan.
Bahagian Perancangan dan Pembangunan – J5
Bertanggungjawab menerajui perancangan konsep operasi dan pembangunan keupayaan Angkatan Bersama di peringkat operasional melibatkan ketiga-tiga perkhidmatan ATM serta agensi-agensi luar.
Bahagian Komunikasi – J6
Bertanggungjawab menyediakan semua keperluan kemudahan komunikasi dan elektronik pertahanan untuk pemerintahan dan penugasan operasi serta pentadbiran MK AB. Ini meliputi merancang, menyelaras dan menyediakan semua keperluan komunikasi pemerintahan dari peringkat MK AB hingga ke formasi atau Assigned Forces. Ianya mesti berupaya untuk memenuhi pelaksanaan semua operasi bersama, operasi gabungan dan multinasional.
Bahagian Hal Ehwal Awam – J7
Bertanggungjawab untuk menentukan keselamatan dan ketetapan maklumat yang disalurkan kepada pihak media, memberi nasihat, membantu dan mengkordinasi keperluan pihak media terutamanya dalam memberi publisiti terhadap perkara-perkara eksesais dan operasi yang perlu diketahui oleh masyarakat umum.
Bahagian Kesihatan – J9
Bertanggungjawab menyediakan perkhidmatan dalam hal-hal perubatan dan kesihatan dari segi keselamatan anggota, pengurusan penempatan, pengurusan pentadbiran perubatan, keanggotaan, bekalan perubatan, baik pulih, bantuan keselamatan, operasi, merancang, latihan, perhubungan, interoperability, latihan bersama, pemodenan angkatan, struktur dan pengagihan sumber, mengeluarkan arahan dan garis panduan dalam segala hal berkaitan dengan perubatan operasi, fokus kepada penyatuan tugas operasi harian staf melalui doktrin, latihan, perkembangan kombat, bantuan operasi pangkalan dan sumber-sumber.
Sekretariat
Bertangungjawab sebagai urusetia kepada KS MK AB bagi menyelaras kegiatan serta keperluan yang melibatkan Operasi Bersama, Eksesais Bersama, Operasi dan Latihan Gabungan dan point of contact bagi bahagian-bahagian KEMENTAH, MK ATM, MK Perkhidmatan dan agensi-agensi luaran yang berurusan dengan MK AB.
Sel Pengurusan Strategik
Bertanggungjawab membangun dan mengimplimentasi serta memantau pelaksanaan perancangan strategik MK AB. Ianya juga berperanan menyelaras dan memastikan aktiviti Sistem Pengurusan Strategik MK AB sejajar dengan perancangan strategik ATM.
Kem
Bertanggungjawab menyelaras pentadbiran dan pengurusan dokumentasi anggota, aset, fasilitas dan keselamatan Kompleks MK AB.